Viele BlueSens User nutzen Hefen als Produktionsorganismen. Hefen sind gut erforscht, günstig, verhältnismäßig einfach zu manipulieren und gelten als ideale Systeme für die Produktion von Fremdproteinen. Die neben der Herstellung von Brot wohl älteste Nutzung von Hefen ist die Alkoholproduktion bei der Herstellung von Wein, Bier oder Spirituosen, bei welcher Zucker zu Ethanol und CO₂ umgesetzt wird. Hefen kommen aber auch bei der Produktion von Biopharmazeutika zum Einsatz. Sie werden genutzt um therapeutische Proteine, Impfstoffe oder Enzyme herzustellen. Als Eukaryoten sind sie in der Lage, Proteine zu glykosylieren und die entstehenden Glykoproteine in das umgebende Nährmedium zu sezernieren. Die in Hefen hergestellten Proteine sind damit tierischen oder menschlichen Proteinen sehr ähnlich, was für die Verträglichkeit von Arzneimitteln essenziell ist. Auch bei der Biosynthese von Chemikalien oder der Herstellung von Biokraftstoffen wird gern auf Hefen zurückgegriffen.